一、螨虫 1. 危害 螨虫主要危害菌丝体，同时也会咬食子实体。 2. 防治方法 螨虫大量发生，可用杀螨剂处理畦面。 二、草害 1. 危害 杂草、苔藓等植物大量发生的田块，羊肚菌的产量低。 2. 防治方法 播种后用黑、白色薄膜覆盖畦面，可有效控制杂草丛生，同时也可适当进行通风，降低土壤湿度。 三、真菌病害 1. 危害 真菌病害爆发会使得子囊果表面发霉，白色气生菌丝旺盛，从而使得菇体腐烂、死亡或畸形，严重影响品质。 2. 防治方法 羊肚菌真菌病害目前暂未有确切的防治办法，主要以防控为主，主要防控措施如下： 播种前对种植地暴晒7天以上，可有效预防霉菌病害的发生；避免出菇时节长时间高温高湿，需加强这段时间的通风、降湿、降温，防控病害的发生；在播种补料环节，高温季节菇床会有不同程度的霉菌发生，这时就可以喷洒生石灰并掩埋； 对于镰刀菌，可使用克霉灵或硫酸铜进行防控。